神盾局淪陷后，寇森在尼克·弗瑞的允許下開始重建組織、收拾殘局，而除了招募新人，最重要的事情就是必須創建起與政府機構的信任橋梁。同時，寇森領隊，在世界各地全力搜查“九頭蛇”余黨的蹤跡，而昔日的伙伴如今淪為背叛者的沃德則成為了他們唯一的線索?？苌杏X自己當初復活期間所產生的“副作用”時不時會涌上心頭，也發覺自己的自控能力越來越差，死命刻墻圖、甚至為了查明真相而派隊員去送死，屢次讓神盾局陷入更大的危機。更吃驚的是，斯凱失散多年的父親突然回歸，并在身后也有一個從古到今毫無任何人見過的“異人”組成的聯盟。斯凱因此再度為自己的身世產生疑問，也陷入選擇家人還是伙伴的左右為難的局面。