小智在旅行途中遇到的少年，遙人。他身上有某個秘密？ 小智和母親花子約定好在隔壁鎮上見面，然而在他睜開眼睛的時候卻發現，皮卡丘不見了？！此時遙人出現在正在尋找皮卡丘的小智面前。 小智跟著遙人前往尋找奪走皮卡丘的那群可疑人物。關系逐漸變好的兩人……將面臨沖擊性的事實！！ 遙人遇到的抓走皮卡丘的穿著奇怪服裝的可疑人物，果然是火箭隊呢！有種預感，感覺還會有其他事情會發生……