在國家解體之際逃往日本政治避難，獨裁國家統治者西亞古共和國將軍卡路瑪，在此期間他發表了制造恐怖活動的聲明。多年過去，卡路瑪麾下一群身上文有“梵”字的特工接連自殺，而卡路瑪也意外死亡。在這一過程中，幾乎每個人都留下了綽號為“傀儡師”的黑客即將到來的訊息。近兩年不斷壯大的公安九課受命調查此事，經過戶草和巴特的層層追查，發現草薙素子也涉足其中。而隨著調查的深入，近年多起誘拐案件、逐漸凸現的貴腐老人現象甚至日本一些重要部門也都與傀儡師的案件有關。揭去重重迷霧，駭然的真相慢慢浮出水面…… 本片根據士郎正宗的同名原著改編，為舊版重制的3D版。