游城十代在前往決斗學(xué)院實(shí)技測(cè)驗(yàn)的途中，偶遇了傳說中的決斗者武藤游戲，并從他手中獲得一張幸運(yùn)卡“天使小精靈”。與此同時(shí)，一個(gè)名為七星的神秘團(tuán)體出現(xiàn)了，它的目的是奪取被封印在決斗學(xué)院地底遺跡中擁有毀滅世界力量的三幻魔。 游城十代及大德寺老師等人被選為遺跡的守護(hù)者，與七星展開了黑暗決斗。后來眾人意外發(fā)現(xiàn)大德寺老師也是七星的成員之一，十代打敗大德寺老師，徹底挫敗了七星的陰謀，并得到賢者之石的卡片。 三幻魔事件結(jié)束后，原來的伙伴們相繼離開決斗學(xué)院，一眾新生入學(xué)。游城十代受到“光之波動(dòng)”的影響，無法進(jìn)行卡牌決斗。之后，游城十代遇到了來自新空間的使者，找回了對(duì)決斗的熱忱與興致。 不久后，前往童實(shí)野町畢業(yè)旅行的十代一行人，被強(qiáng)迫接受齋王美壽知的考驗(yàn)，并得知了“光之波動(dòng)”的真相。回到?jīng)Q斗學(xué)院后，鮫島校長(zhǎng)宣布新世代大賽開幕。這場(chǎng)原本只是讓學(xué)生和職業(yè)決斗者交流，進(jìn)而提升決斗能力的活動(dòng)，卻意外成了關(guān)系到地球存亡的事件。在最后的對(duì)決中，十代向齋王挑戰(zhàn)，成功打敗被“破滅之光”操控的齋王，拯救了世界。